根の状態にもよりますが、茶色であれば休眠期で株の代謝が落ちているだけだと考えられるので、成長期になれば自然とシワは改善すると思います。

室内管理との事だったので、室温によって休眠している株とそうでない株に分かれているため、落葉している株もいれば葉を残している株もあるのだと思います。

どちらにせよ冬は低活動モードに入るので、葉の数が減り蒸散の量が減っている状態にあるため、根から大量に水分を吸い上げても外に出すことが出来ません。よって株はあまり水を吸い上げることはせず、根(パワータンク)に蓄えたエネルギーを消費して越冬しています。そのエネルギー(水分や養分)消費の結果がシワとして現れているのだと思います。

実生7ヶ月であれば細根を守るために霧吹き程度の水やりで良いと思いますし、休眠開けから水やりを再開するで良いと思います。管理方法は問題ないので、まだ株たちの代謝があがっていない状態なだけだと考えられます。

※休眠していても幹で少し光合成出来るため、休眠から目覚めるか不安なのであれば落葉していても光に当てておくと良いと思います。

仮に根が黒色で柔らかい場合は上記とは状況が異なり、腐りだと思うので黒い部分をカットした後、乾燥させて植えると状況改善すると思います。